El proyecto de cooperación transfronteriza de la Eurociudad Vasca Bayonne-San Sebastián nació el 18 de enero de 1993 cuando Henri Grenet, entonces Presidente del Distrito Bayonne-Anglet-Biarritz  y Eli Galdos, Diputado General de la Diputación foral de Gipuzkoa firmaron un convenio de cooperación transfronteriza.

La Eurociudad Vasca se asienta en un espacio que es un territorio transfronterizo y un verdadero “continuum urbano” con:

Su objetivo es transformar la realidad urbana que se extiende a lo largo de los 50 km. que separan Bayona y San Sebastián, actualmente una simple yuxtaposición de estructuras administrativas diferentes, en una nueva metrópoli europea de 600.000 habitantes en la que las infraestructuras, los servicios urbanos y los instrumentos de gobierno sean concebidos de manera conjunta.

Reflexión estratégica para construir una metrópolis

En junio de 1998, la Agencia transfronteriza pone en marcha un proceso de reflexión estratégica para construir una metrópolis en el corazón del arco atlántico y del sistema urbano europeo. Esta reflexión estratégica interactiva concluye en junio 2000 con la redacción del Libro Blanco de la Eurociudad Vasca, cuyos 3 grandes objetivos son:

• Establecer una plataforma atlántica de intermodalidad, de comunicación y de información, transformando el actual corredor de tránsito en Euro-corredor de desarrollo,
• Estructurar una metrópolis lineal policéntrica en red, implementando un uso común del espacio, de las infraestructuras y desarrollando una oferta de servicios y de equipamientos con un nivel de articulación y de calidad que responda a las exigencias de una metrópolis de rango europeo.
• Proteger y valorizar el patrimonio natural, a través de la excelencia medioambiental aplicada al concepto de “metrópoli verde”.

Tras la adopción del Libro Blanco, la Agencia transfronteriza ha desarrollado diversas acciones, entre ellas:

• Un estudio prospectivo sobre las infraestructuras de transporte en la Eurociudad Vasca.
• Un estudio sobre el tratamiento global de los residuos a nivel transfronterizo.
• La página web de la Eurociudad.
• Un sistema de indicadores para la medición de la Eurociudad (observatorios temáticos).
• Un primer mapa transfronterizo de la Eurociudad, gracias a la homegeneización de datos geográficos (ortofoto de la Eurociudad).

Además, la Agencia puso en marcha diversos comisiones sectoriales (medio ambiente, cultura, turismo, servicios sociales, sinergia en el ámbito económico, deportes, observatorio del habitat y la vivienda, observatorio de salud pública). Entre las acciones emprendidas en este marco, destacamos:

• la organización de un congreso transfronterizo para los jóvenes sobre el medio ambiente.
• Elaboración de un mapa medioambiental de la Eurociudad.
• La redacción de diversas guías y publicaciones: una guía sobre los equipos medioambientales, guía de deportes, guía trilingüe "Al alcance de la mano" sobre los tres idiomas de la Eurociudad, guía de la educación superior, guiar de la organización administrativa de Eurociudad ...

En 2008, la Agencia transfronteriza reorientó su actividad hacia dos ejes estratégicos:

Desarrollo sostenible y movilidad.